Ege Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, lisansüstü (yüksek lisans ve doktora) eğitim vermektedir ve bu programlar genellikle 2-4 yıl sürmektedir. Enstitüde, fen, ziraat, mühendislik, su ürünleri, bilgisayar ve öğretim teknolojileri eğitimi gibi çeşitli alanlarda tezli yüksek lisans, tezsiz yüksek lisans ve doktora programları bulunmaktadır. Örneğin, Fen Fakültesi'nde sunulan Matematik ve Kimya programları 4 yıllık lisans eğitimi verirken, Fizik programı 4 yıllık lisans ve 2 yıllık yüksek lisans seçenekleri sunmaktadır.