Eczaneler eskiden genellikle hastanelerde bulunuyordu .
Anadolu'daki ilk eczaneler, Selçuklu döneminde kurulan hastanelerde açılmıştır . Bu eczanelerin ilki, 1206 yılında Kayseri'de Gevher Nesibe Sultan Şifahanesi'nde kurulmuştur .
İstanbul'da ise Avrupa'dakilere benzer ilk özel eczaneler, 18. yüzyılın ortalarında yabancı uyruklu eczacılar tarafından açılmıştır . Kırım Savaşı sırasında Avrupa devletlerinin ordularıyla beraber İstanbul'a gelen yabancı hekim ve eczacıların etkisiyle sayıları artmıştır .
Osmanlı döneminde ise eczaneler genellikle yabancı uyrukluların ve azınlıkların tekelindeydi . 1927 yılında çıkarılan "Eczaneler ve Eczacılar Hakkında Kanun" ile eczaneler mali bakımdan güçlendirilmiş ve halk sağlığına hizmet eden kurumlar haline getirilmiştir .