Dezenfektanların bazı dezavantajları: Gluteraldehit: Solunum irritasyonu yapar, ciddi göz hasarına yol açabilir, cildi ve giysileri boyar, iyi havalandırılmayan ortamlarda sağlık çalışanları için risk oluşturur. Ortofitalaldehit (OPA): Proteinleri griye boyar, iyi temizlenmemiş aletlerde renk değişikliğine yol açar, doku fiksasyonu yaparak biyofilm oluşumuna neden olabilir. Klor ve klor bileşikleri: Koku ve lezzeti olumsuz etkiler, yüksek konsantrasyonda lastik aksamlara zarar verir, metal ve plastiklere korozif etkisi vardır. Formaldehit: Kanserojen ve toksik etkisi nedeniyle kullanımı önerilmez. Tüm dezenfektanlar: Ortamda bulunan organik maddeler ve yağlarla reaksiyona girerek etkinliklerini azaltır. Dezenfektanların dezavantajları, kullanım alanına ve dezenfektanın türüne göre değişiklik gösterebilir.