Gen ve alel arasındaki temel fark, genin bir özelliği belirleyen DNA'nın bir parçası olması, alelin ise bir genin spesifik bir şekli veya formu olmasıdır. Gen: Boy veya göz rengi gibi belirli bir özelliği belirler. Alel: Saç rengi gibi bir özellik için birçok farklı formda olabilir; örneğin, kahverengi saç için bir alel, sarı saç için bir alel, kızıl saç için bir alel gibi. Ayrıca, genler çiftler halinde oluşmazken, aleller çiftler halinde oluşur.