Mustafa Cezar'ın bazı eserleri şunlardır: 1. Özlü Osmanlı Tarihi (1956). 2. Mufassal Osmanlı Tarihi (4 cilt, 1957-60). 3. Osmanlı Devrinde İstanbul Yapılarında Tahribat Yapan Yangınlar ve Tabii Afetler (1963). 4. Osmanlı Tarihinde Levendler (1965). 5. Sanatta Batıya Açılış ve Osman Hamdi (1971). 6. Hun Sanatı Üzerine (1974). 7. Anadolu Öncesi Türklerde Şehir ve Mimarlık (1977). 8. Typical Commercial Buildings of the Ottoman Classical Period and the Ottoman Construction System (1983). 9. 100. Yılda Güzel Sanatlar Akademisi'nden Mimar Sinan Üniversitesi'ne (1983). 10. Tipik Yapılarıyla Osmanlı Şehirciliğinde Çarşı ve Klasik Dönem İmar Sistemi (1985). 11. Müzeci ve Ressam Osman Hamdi Bey (1987). 12. XIX. Yüzyıl Beyoğlusu (1991).