Cengiz Aytmatov Enstitüsü'nün amacı, Türk kültürü, tarihi ve edebiyatına katkı sağlamak olarak belirlenmiştir. Enstitü, bu amacı gerçekleştirmek için şu faaliyetleri yürütmektedir: - Cengiz Aytmatov'un eserlerini ve Türk dünyasının ortak edebi mirasını gelecek nesillere aktarmak; - Türk boylarının geçmişini öğretmek ve onları geleceğe hazırlamak; - 34 harfli Türk dünyasının ortak alfabesinde Aytmatov'un eserlerini bastırmak ve ortak literatürde örnek eserler oluşturmak.