Cengiz Aytmatov Enstitüsü'nün amaçları şunlardır: Türk kültürünü tanıtmak: Enstitü, Türk kültürünün bağımsız Türk devletleri ve özerk Türk topluluklarının kimliğini oluşturan temel unsur olduğunu savunur. Cengiz Aytmatov'u ve eserlerini tanıtmak: Enstitü, Aytmatov'un eserlerini ve dünya çapındaki tanınırlığını artırmayı hedefler. Akademik ve kültürel faaliyetler düzenlemek: Aytmatov'un eserlerini tanıtacak akademik ve kültürel faaliyetler gerçekleştirilir. Eserlerin ortak alfabede basımını yapmak: Aytmatov'un eserlerinin 34 harfli Türk dünyasının ortak alfabesinde basımı yapılır. Milli hafızayı canlı tutmak: Aytmatov'un hayatı ve yaşadıkları üzerinden milli hafızayı canlı tutan etkinlikler düzenlenir. Türk dünyasının kültürel birliğini güçlendirmek: Enstitü, Türk dünyasının ortak hafızasını yaşatacak bir köprü ve bilgelik meşalesi olarak görülür.