C3a molekülü, tamamlayıcı sistemin bir efektörü olarak çeşitli işlevlere sahiptir: 1. Doğuştan gelen bağışıklıktaki rolü: Endotel hücre kasılması yoluyla vazodilatasyonu artırır, vasküler geçirgenliği yükseltir, mast hücresi ve bazofil degranülasyonunu uyarır. 2. Adaptif bağışıklıktaki rolü: Lökosit üretimini ve proliferasyonunu kontrol eder, B hücrelerini ve IL-6 ile TNF-α'nın monosit üretimini düzenler. 3. Kemotaksis: Mast hücreleri ve eozinofiller için kemotakside rol oynar, ancak daha güçlü bir kemoatraktan olan C5a'nın aksine. 4. Anti- ve proinflamatuar etkiler: C3a'nın, C5a'nın proinflamatuar etkilerini ortadan kaldırabileceği gösterilmiştir. Ayrıca, C3a yağ dokusunda bir hormon olarak görev yaparak, yağ asidi göçünü ve triasilgliserol sentezini düzenler.