Boğaçayı'nın kirli olmasının birkaç nedeni vardır: 1. Islah Projeleri: Antalya Büyükşehir Belediyesi'nin Boğaçayı için yaptığı projeler, derenin doğal dengesini bozarak kirliliğe yol açmıştır. 2. Yosun ve Sucul Bitkiler: Havaların ısınmasıyla birlikte sucul bitkilerin hızlı büyümesi, ortamdaki oksijenin azalması ve hidrojen sülfürün oluşması, Boğaçayı'nın yosunla kaplanmasına ve kötü kokuya sebep olmaktadır. 3. Toprak Kayması: Doyran mevkisinde meydana gelen toprak kayması sonucu dereye karışan kırmızı toprak, suyun rengini değiştirmiş ve kirliliğe katkıda bulunmuştur.