Boğaçayı'nın kirli olmasının birkaç nedeni vardır: Yosunlar ve sucul bitkiler: Havaların ısınmasıyla birlikte sucul bitkiler hızla büyür ve bu durum, ortamdaki oksijenin azalmasına yol açarak hidrojen sülfür oluşumuna neden olur. Toprak kayması: 2023 yılında, Doyran mevkisinde meydana gelen toprak kayması sonucu dereye kırmızı toprak karışmış ve bu da suyun renginin kahverengiye dönmesine neden olmuştur. Rüsubat birikimi: Boğaçayı'nın kanal içi, yukarıdan gelen debinin getirdiği rüsubatla dolmaktadır.