Biyoyakıt için en iyi bitki, kullanım amacına ve bölgesel koşullara bağlı olarak değişiklik gösterebilir. Biyodizel üretiminde en fazla kullanılan bitkiler kolza (kanola) ve aspirdir. Biyoetanol üretiminde ise buğday ve mısır yaygın olarak kullanılmaktadır. Ayrıca, tütün tohumu da biyodizel üretiminde değerlendirilebilecek bir bitki olarak belirtilmektedir. Biyoyakıt üretimi için bitki seçiminde, yerel iklim koşulları, toprak tipi, su kaynakları ve ekonomik faktörler de göz önünde bulundurulmalıdır.