BİLSEM öğrencileri, ortaokulda kontenjandan yararlanamaz. BİLSEM'e kayıtlı öğrenciler, eğitim gördükleri okulun destek eğitim odasından yararlanabilirler, ancak BİLSEM'in sunduğu özel eğitim dışında fırsat eşitsizliğine sebep olacak bir avantaja sahip değillerdir. Ortaokul düzeyinde, özel yetenekli olarak tanılanan öğrenciler, mevcut okullarında destek eğitim odası açılarak oraya yönlendirilebilirler. BİLSEM'e öğrenci seçimi, Özel Eğitim ve Rehberlik Hizmetleri Genel Müdürlüğü tarafından her yıl belirlenen sınıf seviyesine ve uygulama takvimine göre yapılır.