Balıkesir Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü, Balıkesir Üniversitesi Rektörlüğü'ne bağlı olarak faaliyet göstermektedir. Herhangi bir fakülteye doğrudan bağlı değildir. Balıkesir Üniversitesi bünyesinde bulunan fakülteler arasında Sosyal Bilimler Enstitüsü yer almamaktadır.