Atomun şekli hakkında farklı görüşler bulunmaktadır: Ernest Rutherford'un atom modeline göre, atomun merkezinde yoğun ve küçük bir çekirdek bulunur ve bu çekirdek etrafında negatif yüklü elektronlar, güneşin etrafında dönen gezegenler gibi yörüngelerde dolanır. Niels Bohr'un atom modeline göre, elektronlar belirli enerji seviyelerinde bulunur ve bu seviyeler arasında geçişler yapabilir. Güncel atom modeline göre, elektronlar belirli bölgelerde, yani orbitallerde bulunur ve bu orbitaller küresel katmanlarda yer alır. Atomun büyük bir kısmı ise boşluktan ibarettir.