Ammonitler, yaklaşık 66 milyon yıl önce gerçekleşen Kretase-Tersiyer yok oluşuyla birlikte soyu tükenmiştir 123. Bu yok oluşun nedeni, Dünya'ya çarpan büyük bir göktaşı olarak kabul edilmektedir 145.

Bu kitlesel yok oluş, küresel çapta kalıcı bir kışa, fotosentezin durmasına ve gıda mevcudiyetinin etkilenmesine yol açmıştır 15. Ayrıca, iklim dalgalanmaları ve tektonik hareketler gibi etkiler de yok oluş sürecini hızlandırmıştır 5.

Ammonitlerin soyu tükenirken, antik akrabaları olan Nautiluslar bu yok oluştan sağ kurtulmuştur 1. Bunun nedeni, Nautilusların okyanusun daha derinlerinde yaşaması ve bu derin suların değişimlerden daha az etkilenmesi olarak düşünülmektedir 1.