Yapı izomeri, aynı molekül formülüne sahip, ancak atomlarının bağlanma düzeni farklı olan bileşiklerdir. Üç tür yapı izomeri vardır: 1. Zincir-dallanma izomeri: Karbon zincirine eklenen alkil grupları dallanma oluşturur ve bu dallı bileşikler, aynı karbon sayılı dallanmamış bileşiğin izomerleridir. 2. Konum izomeri: Fonksiyonel grubun farklı karbonlara bağlanmasıyla oluşur. 3. Fonksiyonel grup izomeri: Molekül formülü aynı, fonksiyonel grup atomlarının diziliş biçimi farklı olan izomerlerdir.