Muğla'da işletme bölümü, Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi ve Fethiye İşletme Fakültesi'nde bulunmaktadır. İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi: İşletme bölümü, 1974-1975 öğretim yılından itibaren Ankara İktisadi ve Ticari İlimler Akademisi tarafından Muğla'da açılan ve YÖK Yasası ile birlikte 1982 yılında Dokuz Eylül Üniversitesine bağlanan İşletmecilik Yüksek Okulu'nun, 1992/Aralık ayında tüm kadrosu ile birlikte Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi'nin kuruluşu ile İİBF'ne dönüşmesiyle kurulmuştur. Fethiye İşletme Fakültesi: Ekonomi, finans, işletme, turizm işletmeciliği, uluslararası ticaret ve lojistik, yönetim bilişim sistemleri gibi alanlarda lisans ve yüksek lisans programları sunmaktadır.