Yapay zekadan makale özeti
- Kısa
- Ayrıntılı
- Bu video, bir eğitim içeriği olup, konuşmacı PCR için primer tasarımı konusunda bilgi ve teknikler paylaşmaktadır.
- Video, PCR için primer tasarımı yapmak isteyenler için çeşitli online araçları tanıtmaktadır. Konuşmacı, Primer3, NCBI, Insilico PCR, Ensemble gibi araçları kullanarak aktin geni örneği üzerinden primer tasarımı sürecini adım adım göstermektedir. Özellikle intron-spaning primer tasarımlarının avantajları, GC içeriği, product boyutu gibi teknik detaylar ve bu araçların nasıl kullanılacağı detaylı olarak anlatılmaktadır. Video, laboratuvar ortamında PCR deneyleri planlamak isteyen bilim insanları için faydalı bir rehber niteliğindedir.
- Primer Dizayn İçin Kullanılan Araçlar
- Primer dizayn için PCR için kulp yaparken kullanılan siteler ve araçlar açıklanmaktadır.
- Primer3, en eski ve halen gold standart kabul edilen bir araçtır ve çok fazla seçeneği sunmaktadır.[NC]- NCBI'nin araçları, Primer3 ve BLAST'ı birleştiren daha yeni bir programdır.
- 01:27Primer Dizayn İçin Önemli Araçlar
- Insilico PCR, primerlerin çalışıp çalışmadığını ve hangi product vereceğini gösteren bir araçtır.
- Ensemble, farklı türlerdeki gen yapısını gösteren bir araçtır ve 500 bp'lik intronları da gösterir.
- BLAST her zaman sağlama yöntemi olarak kullanılır, yapılan primerlerin nükleotitlerde nerede eşleştiğini kontrol etmek için kullanılır.
- 03:15Aktin Geni Örneği
- Aktin geni bir house keeping geni olduğu için hemen hemen her deneyde kullanılır.
- GenBank'da aktin beta geni aratılarak, kromozom 7'de yer aldığı bilgisi elde edilir.
- Transkript table seçeneği ile genin farklı transkriptleri görüntülenebilir, en uzun transkript 2554 protein kodluyor ve 375 aminoasit üretiyor.
- 06:00Gen Struktürü ve Primer Seçimi
- Gen struktürü incelendiğinde, intronlar ve exonlar renkli olarak gösterilir, atg ile başlayıp protein üretimine başlar.
- Introna spaning primer yapmak, DNA'dan PCR yapıldığında intronların araya girmesi sonucu daha uzun bir product vermesini sağlar.
- Primer dizayn ederken GC içeriğinin %70'in üstüne çıkmaması önemlidir.
- 10:58Primer Dizayn ve Kontrol
- Dizayn edilen primerler Nucleotide Plus'a yapıştırılarak, hangi bölgelerde eşleştikleri kontrol edilir.
- Primerlerin insan genlerine sadece eşleşmesi için filtreleme yapılabilir.
- Primer dizayn araçları, intron spaning primer yapmak için otomatik olarak intronları seçebilir.