Şifreli USB bellek, verilerin yetkisiz erişimden korunması için şifreleme teknolojileri kullanır. İki ana yöntemle çalışır: 1. BitLocker ile Şifreleme: Windows 10'un Pro, Enterprise veya Education sürümlerinde, dahili BitLocker To Go uygulaması kullanılarak USB flash sürücü şifrelenebilir. Bu yöntem şu adımları içerir: USB sürücüsünü bilgisayara takıp "Bu Bilgisayar" kısmından sürücüye sağ tıklayarak "BitLocker'ı Aç" seçeneğini seçmek. "Sürücünün Kilidini Açmak için Bir Parola Kullan" seçeneğini işaretlemek ve parolayı iki kez girmek. Kurtarma anahtarını nereden almak istendiğini seçmek ve "Tüm Sürücüyü Şifrele"yi işaretlemek. "Uyumlu Mod"u seçip şifrelemeyi başlatmak. 2. VeraCrypt ile Şifreleme: Bu yöntem, daha fazla güvenlik detayı sunan bir yazılım kullanır. Şu adımları içerir: "Create Volume" butonuna tıklayıp "Encrypt a non-system partition / drive" seçeneği ile devam etmek. "Standart VeraCrypt Volume" ile devam edip şifrelenecek sürücüyü seçmek. Şifreleme yöntemini seçip şifreyi girerek işlemi tamamlamak. Ayrıca, bazı USB bellekler, dahili fiziksel veya yazılımsal anahtarlar ile birlikte gelerek şifreleme özelliği sunabilir.