Harran Üniversitesi, tarihi öneme sahiptir çünkü bilinen en eski üniversitelerden biridir. Tarihi geçmişi şu şekilde özetlenebilir: - Emevî Devleti dönemi: Harran'da tıp ve felsefe okullarının kurulduğu, klasik dünyanın bilgilerinin Arapçaya çevrildiği bir merkez olarak faaliyet gösterdiği dönem. - Abbasi Halifesi Harun Reşid dönemi: Üniversitenin bilimsel çalışmalarının din, astronomi, tıp, matematik ve felsefe olmak üzere beş bölümde sürdürüldüğü dönem. - Moğol istilası: 1272 yılında gerçekleşen istila sonrası üniversitenin ve kentteki diğer tarihi yapıların büyük zarar gördüğü, bir daha eski parlak günlerine dönemediği dönem.