Ada Ekspresi, 1 Şubat 2012 tarihinde Ankara-İstanbul Yüksek Hızlı Tren (YHT) hattı inşaatı nedeniyle geçici olarak seferlerine son vermiştir. 15 Mart 2019 tarihinde yeniden faaliyete geçen Ada Ekspresi, 2020 yılında tüm dünyada etkili olan COVID-19 salgını nedeniyle seferlerine tekrar ara vermiştir. 2023 yılında, Justinianus Köprüsü'nde yapılacak tadilat ve bakım çalışmaları nedeniyle belirli tarihlerde güzergah değişikliği yapılmış ve Ada Ekspresi'nin Arifiye-Gebze arasında hizmet verdiği duyurulmuştur. Ada Ekspresi'nin kalıcı olarak kaldırıldığına dair bir bilgi bulunmamaktadır.