Sınıflandırmanın temel ilkeleri şunlardır: 1. Cins-Tür İlişkisi: Kavramlar, cinslerine göre sınıflandırılır ve her tür, bağlı olduğu cins temel alınarak tanımlanır. 2. Hiyerarşi: Sınıflandırma, yukarıdan aşağıya doğru bir hiyerarşi izler; her cins bir türün üzerinde yer alırken, daha yüksek bir cinsin altında da bulunabilir. 3. Homojenlik: Her sınıf, kendi içerisinde homojen olmalıdır; yani bir sınıfa ait olmayan varlıklar o sınıfa dahil edilmemelidir. 4. Evrimsel İlişkiler: Modern sınıflandırma, organizmalar arasındaki evrimsel ilişkilere dayanır. 5. İkili Adlandırma: Her organizmaya, cinsinden ve türünden oluşan iki parçalı bilimsel bir isim verilir (binominal adlandırma).