Fenerbahçe'nin eksi kaç kupası olduğuna dair bir bilgi bulunamamıştır. Ancak Fenerbahçe'nin kazandığı kupalardan bazıları şunlardır: Türkiye Futbol Şampiyonası: 1932-33, 1934-35, 1943-44. Süper Lig: 1959, 1960-61, 1963-64, 2003-04, 2004-05. Türkiye Kupası: 1967-68, 1973-74, 2011-12. Türkiye Süper Kupası: 1968, 1973, 2007. Balkan Kupası: 1966-67, 1968.