The Matrix'in sonunda, Neo, Ajan Smith tarafından öldürülmeyi kabul ederek kendini feda eder ve ardından yeniden canlanarak Smith'i öldürür. Ayrıca, Matrix'in yeniden yüklenmesi süreci de sona erer ve Neo, makinelerle insanlık arasında bir ateşkesin sağlanmasına yardımcı olur.