Charles Üniversitesi, çeşitli uluslararası sıralamalarda üst sıralarda yer alması nedeniyle iyi bir üniversite olarak değerlendirilmektedir. Times Higher Education World University Rankings 2025'e göre, Charles Üniversitesi, dünyanın önde gelen üniversitelerinden biri olarak gösterilmiştir ve Çek Cumhuriyeti'nde birinci sıradadır. QS World University Rankings 2025'te ise Charles Üniversitesi, dünya genelinde 246. sırada yer almıştır. EduRank'a göre, Charles Üniversitesi, küresel çapta 161. sırada olup, Çek Cumhuriyeti'nde birinci sıradadır. Ayrıca, Charles Üniversitesi'nin geniş bir fakülte ağı, kapsamlı araştırma olanakları ve uluslararası işbirlikleri de dikkate değerdir.