Cem Sabancı, Burdur'da bedelli askerlik yaparken geçirdiği kalp krizi sonucu hayatını kaybetmiştir. 19 Nisan 2004 tarihinde gribal enfeksiyon ve yüksek ateş şikayetleriyle hastaneye kaldırılan Cem Sabancı, tedavi gördükten sonra birliğine dönmüş, ancak askerliğinin bitimine sayılı günler kala fenalaşarak vefat etmiştir. Ailesi, Cem Sabancı'nın tedavisi sırasında alerjisi olduğu penisilin iğnesi yapılmış olabileceğini ve bu nedenle ölmüş olabileceğini iddia etmiştir. Olayın ardından askeri savcılık tarafından soruşturma başlatılmıştır.