Doktor Caligari'nin Muayenehanesi, cinayet işlemek için bir uyurgezeri kullanan çılgın bir hipnotizmacının hikayesini anlatır. Filmin konusu kısaca şu şekildedir: Genç Franzis ve arkadaşı Alan, bir karnavalda hipnozcu Dr. Caligari ile karşılaşırlar. Caligari, hipnoz altındaki uyurgezer Cesare ile bir performans sergilemektedir. Geleceği görebildiği iddia edilen Cesare, Alan’a o gece gün doğmadan öleceğini söyler. Kehanetin gerçekleşmesi üzerine Franzis, şüphelendiği Caligari’yi takip ederken, aşık olduğu Jane, Uyurgezer Cesare tarafından kaçırılır. Dönen dolabı Franzis sayesinde fark eden polisler, aslen bir akıl hastanesi müdürü olan Caligari’nin yüzyıllar önce yaşamış bir hipnotizmacının kötücül emellerini devam ettirdiğini anlarlar ve onu tutuklarlar. Ayrıca, filmin başında ve sonunda yer alan çerçeve sahneler, tüm bu yaşananların akıl hastanesine kapatılmış Franzis’in sanrıları mı, yoksa gerçeğin ta kendisi mi olduğundan şüphe duyulmasına neden olur.