Prison Break'in final sezonu, önceki sezonlardan farklı çünkü Michael Scofield'ın ölümü yeniden ele alınmış ve alternatif bir açıklama getirilmiştir. Sezon 4'ün finalinde Michael'ın beyin tümöründen dolayı öldüğü ima edilmişti. Bu değişiklik, dizinin genel hikayesini ve karakter dinamiklerini yeniden şekillendirmiş, bazı hayranlar tarafından eleştirilmiştir.