HEPA 12 ve HEPA 13 filtreleri arasındaki temel fark, partikül yakalama verimliliğidir. - HEPA 12 filtreler, 100.000 adet partikülden 500 tanesini egzozdan dışarı çıkarırken, HEPA 13 filtreler bu orandan 50 tanesini yakalar. - HEPA 13 filtreler, %99,95 verimlilik sunarken, HEPA 12 filtreler %99,5 verimlilik sağlar. Bu nedenle, HEPA 13 filtreler daha yüksek hava kalitesi gerektiren kritik ortamlarda, örneğin hastaneler ve laboratuvarlar gibi yerlerde tercih edilir.