EFT ücreti, bankaların belirlediği minimum ve maksimum sınırlar çerçevesinde, Türkiye Cumhuriyet Merkez Bankası (TCMB) tarafından her yıl işlem tutarına göre belirlenir. Ayrıca, transferin gerçekleştirildiği kanal (mobil uygulama, ATM, şube, telefon bankacılığı) da ücreti etkileyen bir diğer faktördür. Bazı bankalar, müşteri sadakati veya özel hizmet paketleri kapsamında EFT ücretlerinde indirim veya muafiyet sunabilir.