Metrobüse hangi durakta inileceği, gidilen güzergaha ve hedeflenen yere bağlı olarak değişir. İstanbul'daki bazı önemli metrobüs durakları şunlardır: Zincirlikuyu: Avrupa yakasında, iş merkezlerinin yoğun olduğu bir bölgede yer alır. Mecidiyeköy: Metro, metro hattı ve otobüs hatlarına aktarma imkanı sunar. Yenibosna: Atatürk Havalimanı ve çevresine ulaşımda önemli bir duraktır. Şirinevler: Metro hattı ile entegre olup, Bakırköy ve Bahçelievler gibi semtlere hizmet verir. Söğütlüçeşme: Anadolu yakasında yer alır ve Marmaray hattına aktarma imkanı sunar.