Superman: Man of Tomorrow, Superman (Clark Kent) karakterinin süper kahraman kariyerinin başlarını anlatıyor. Filmde anlatılan bazı olaylar şu şekilde: Krypton gezegeninin yok olmasının ardından, Kriptonlu bebek Kal-El, ebeveynleri tarafından Dünya'ya gönderilir ve burada Jonathan ve Martha Kent çifti tarafından evlat edinilir. Yıllar sonra, Clark, Daily Planet gazetesinde stajyer olarak çalışırken "Uçan Adam" olarak tanınır. LexCorp'un yaptığı bir yörünge roket teleskobunun lansmanına katılır, ancak muhabir Lois Lane, Lex Luthor'un roketin Metropolis'i yok etme planını ortaya çıkarır. Clark, S.T.A.R. Labs'te çalışan hademe Rudy Jones ile tanışır ve onun uzaylı deneyleri hakkında bilgi edinir. Roket Metropolis'e doğru yönelir ve Clark, Uçan Adam olarak roketi durdurur. Clark, Lobo adlı bir uzaylı ödül avcısı tarafından izlenir ve onun son derece tehlikeli biri olduğunu öğrenir. Lobo ile olan mücadelesi sırasında, Clark'ın zayıf noktası olan Kriptonit hakkında bilgi edinilir. Clark, Lobo tarafından dövülürken, gizemli bir figür devreye girer ve kendini Martian Manhunter olarak tanıtıp Clark'ı insanlıktan saklaması konusunda uyarır. Rudy, enerji emerek kurbanlarını cansız hale getiren bir parazite dönüşür ve Metropolis'te terör estirmeye başlar. Superman ve Martian Manhunter, paraziti durdurmak için birlikte çalışır. Parazit, güç santralinin aşırı yüklenmesini önlemek için kendini feda eder. Ayrıca, film, 1995-1999 yılları arasında süren 16 sayılık Man of Tomorrow serisiyle aynı adı taşıyor olsa da, doğrudan bu seriye bağlı bir hikaye anlatmıyor.