Assassin's Creed serisinin hikayesi, ilk oyun olan Assassin's Creed ile başlar. Bu oyunda, Desmond Miles adlı karakterin anıları Animus aracılığıyla yeniden canlandırılır ve seri boyunca devam eden Suikastçı ve Tapınakçı çatışması tanıtılır. Daha sonra gelen oyunlar, hikayenin farklı zaman dilimlerinde ve farklı karakterlerle devam eder: - Assassin's Creed II: Rönesans İtalya'sında, babasının ve erkek kardeşinin ölümünün intikamını almak için Kardeşlik'e katılan Ezio Auditore da Firenze'nin hikayesi. - Assassin's Creed IV: Black Flag: 18. yüzyılda Karayip Adaları'nda geçen ve Edward Kenway'in korsanlık maceralarını konu alan oyun. - Assassin's Creed Origins: Antik Mısır'da, firavun XIII. Ptolemaios ve Kleopatra döneminde geçen ve Bayek of Siwa'nın hikayesini anlatan oyun. Serinin en son oyunu ise Assassin's Creed Mirage olup, 9. yüzyılda Bağdat'ta geçer ve Basim Ibn Ishaq'ın suikastçı olma sürecini işler.