Yandex.tr'nin güvenilirliği konusunda bazı endişeler bulunmaktadır. Yandex Browser, güvenli olmayan ağlarda DNS sızdırma koruması, DNSCrypt ve otomatik HTTPS desteği gibi güvenlik özellikleri sunsa da, kapalı kaynaklı bir proje olması nedeniyle kullanıcılar kaynak kodunu inceleyemez ve tarayıcının arka planda ne yaptığını tam olarak analiz edemez 23. Ayrıca, Yandex'in arama sorgularını toplayarak analiz için Yandex sunucusuna gönderdiği iddiaları da mevcuttur 23.

Yandex, Rusya hükümeti ile bağlantılı olduğu iddialarıyla da karşı karşıyadır, bu da gizlilik ve güvenlik endişelerini artırmaktadır 12.

Gizlilik ve güvenlik konularında endişeleriniz varsa, farklı bir tarayıcı kullanmanız önerilir.