Yandex arama motoru, güvenli olmayan ağlarda DNS sızdırma koruması, DNSCrypt ve otomatik HTTPS desteği gibi çeşitli güvenlik özellikleri sunmaktadır. Ancak, Yandex ile ilgili bazı gizlilik endişeleri bulunmaktadır: Kullanıcılar, Yandex'in arama sorgularını topladığını ve analiz için Yandex sunucusuna gönderdiğini iddia etmiştir. Tarayıcının kapalı kaynaklı bir proje olması, kullanıcıların kaynak kodunu görüntüleyememesine ve tarayıcının arka planda ne yaptığını değerlendirememesine neden olmaktadır. Yandex Browser'ın, verilerinizi toplamak ve gerektiğinde yetkililere göndermek için gerekli tüm izinlere sahip olduğu iddia edilmektedir. Tarayıcının Rus hükümetine bağlı olduğu yönünde iddialar bulunmaktadır. Sonuç olarak, Yandex arama motorunun kullanımı kişisel tercihlere bağlıdır; ancak gizlilik ve güvenlik konusunda endişeler varsa, farklı bir arama motoru kullanılması önerilir.