Evet, Yandex Maps'te 3 boyutlu navigasyon bulunmaktadır. Yandex Maps uygulamasında İstanbul, Ankara, İzmir, Antalya ve Muğla’daki bazı simge yapılar üç boyutlu olarak görüntülenebilmektedir. 3 boyutlu bir yapıyı görüntülemek için, yer işaretinin adı arama çubuğuna yazılabilir ya da haritada yapı bulunup yakınlaştırma yapılabilir. Bu özellik, iOS ve Android işletim sistemlerinde Yandex Maps ve Navigasyon uygulamalarının en güncel sürümlerinde kullanılabilmektedir.