Yandex.Disk, dosya güvenliği açısından şu özelliklere sahiptir: Antivirüs taraması: Oluşturulan, yüklenen veya depolanan tüm dosyalar, 1 GB'a kadar, antivirüs yazılımı ile taranır. Veri şifreleme: Uygulama veya site üzerinden aktarılan tüm bilgiler güvenli bir şekilde şifrelenir. Ancak, bulut depolama hizmetlerinin tamamı %100 güvenli kabul edilemez. Ayrıca, Yandex.Disk'te depolanan dosyalar, belirli koşullar altında kalıcı olarak silinebilir.