WhatsApp'ın güvenli sohbet özelliği, uçtan uca şifreleme (E2EE) ile korunan mesajlaşma ve arama hizmetlerini içerir. Bu özellik sayesinde: Tüm mesajlar, gönderenin cihazında şifrelenir ve yalnızca alıcının cihazında şifresi çözülür. Fotoğraf, video ve belgeler de aynı şekilde şifrelenir ve iletim sırasında siber suçlular tarafından ele geçirilemez. Sesli ve görüntülü aramalar da uçtan uca şifreleme ile korunur. Ayrıca, WhatsApp kullanıcılarına iki adımlı doğrulama, biyometrik kimlik doğrulama ve sohbet kilidi gibi ek güvenlik özellikleri de sunar. Nisan 2025'te yayınlanan bir güncelleme ile, gelişmiş sohbet gizliliği özelliği eklenerek medya dosyalarının galeriye kaydedilmesi ve sohbet geçmişlerinin dışa aktarılması sınırlandırılmıştır.