Telegram masaüstü uygulaması, uçtan uca şifreleme (E2E) özelliği yalnızca gizli sohbetlerde bulunduğu için tamamen güvenli sayılmaz. Normal (ortak) sohbetlerde E2E şifreleme yoktur ve mesajlar Telegram tarafından saklanıp erişilebilir. Ancak, Telegram'ın güvenlik açısından bazı olumlu özellikleri de vardır: Bağımsız yapı: WhatsApp ve Messenger gibi büyük şirketlere ait değildir, bu da siyasi ve pazarlama etkilerinden daha az etkilendiği anlamına gelir. Gizlilik odaklı özellikler: Gizli sohbetler, kendi kendini yok eden mesaj desteği ve dağıtılmış sunucu altyapısı gibi güvenlik önlemleri sunar. Açık kaynak kodu: Kısmen açık kaynaklıdır, bu da üçüncü tarafların arka kapı kullanabilme olasılığını azaltır. Ayrıca, Telegram'da güvenlik için VPN kullanımı gibi ek önlemler alınması önerilir.