Telegram, günümüzdeki en güvenli mesajlaşma uygulamalarından biri olarak kabul edilir. Bunun nedenleri arasında: Uçtan uca şifreleme kullanımı, mesajların yalnızca gönderen ve alıcı tarafından okunabilmesini sağlar. Açık kaynaklı yapı, koddaki zayıf noktaların ve güvenlik açıklarının tespit edilmesine olanak tanır. Kendi kendini imha eden mesajlar özelliği, belirlenen süre sonunda mesajların silinmesini sağlar. Ancak, Telegram'ın tamamen güvenli olduğu söylenemez. Normal sohbetlerde uçtan uca şifreleme varsayılan olarak kullanılmaz ve uygulama, kullanıcılarını bu konuda bilgilendirmez.