Atatürk, Samsun'a çıktıktan sonra bir dizi önemli faaliyet gerçekleştirdi: 1. Rum ve Türk halkı arasındaki çatışmaları sonlandırmak için görevlendirildiği 9. Ordu Müfettişliği görevlerini yerine getirdi. 2. Havza'ya geçerek burada on yedi gün kaldı ve Ankara ve Konya'daki kolordu komutanlarıyla telgraflaşarak ülkedeki genel durum hakkında bilgi aldı. 3. 28 Mayıs 1919 tarihinde, Müdafaa-i Hukuk Cemiyetlerine gönderdiği bir genelgeyle İzmir'in işgalini protesto etmelerini istedi ve bu protesto kapsamında Anadolu'da 96 miting düzenlendi. 4. 12 Haziran 1919 tarihinde Amasya'ya hareket ederek burada bir genelge ilan etti ve Millî Mücadele'nin başladığını resmen duyurdu.