Windows Kayıt Defteri'ni temizlemek için aşağıdaki yöntemler kullanılabilir: Üçüncü parti yazılımlar: CCleaner, Wise Registry Cleaner, AVG PC Tuneup, Advanced SystemCare, Auslogics Registry Cleaner gibi programlar kullanılabilir. Registry Editor (Kayıt Defteri Düzenleyicisi): Windows'un kendi aracı olan Registry Editor kullanılarak manuel temizlik yapılabilir. Restoro: Bu uygulama, sistem kararlılığı sorunlarını ve kötü amaçlı yazılım bulaşmalarını tarayarak sorunları bulur ve "Start Repair" seçeneği ile düzeltir. Kayıt Defteri'nde yapılacak yanlış bir işlem sistemin zarar görmesine neden olabileceğinden, bu işlemi dikkatli bir şekilde yapmak veya bir uzmana danışmak önemlidir.