Prefabrik depo yapımında genellikle çelik, beton ve ahşap gibi malzemeler kullanılır. Çelik: Depoların iskelet yapısında kullanılır çünkü dayanıklı, hafif ve kolay işlenebilir bir malzemedir. Beton: Depo zeminini sağlam yapmak için kullanılır. Ahşap: Daha ekolojik bir seçenek olabilir ancak dayanıklılığı daha düşük olduğu için genellikle geçici projelerde kullanılır. Ayrıca, prefabrik depoların duvarlarında çelik malzemeden yapılmış sandviç paneller ve çatı yapısında çelik malzemeler ile sandviç panel kaplamalar kullanılır. Depo yapımında kullanılan malzemelerin seçimi, depo kullanımının amacına, iklim koşullarına ve bütçeye bağlı olarak değişiklik gösterebilir.