PDF sıkıştırma işleminin kalitesi, kullanılan araca ve seçilen sıkıştırma seviyesine bağlı olarak değişir. Bazı PDF sıkıştırma araçlarının kalite seviyeleri: iLovePDF: "Aşırı sıkıştırma", "daha az kaliteli, yüksek sıkıştırma", "önerilen sıkıştırma", "kaliteli, iyi sıkıştırma", "düşük sıkıştırma", "yüksek kaliteli, daha az sıkıştırma" gibi seçenekler sunar. Smallpdf: "Temel" ve "Güçlü" sıkıştırma seçenekleri ile hızlı ve yüksek kaliteli sıkıştırma imkanı sağlar. Adobe Acrobat: "Yüksek", "Orta" ve "Düşük" sıkıştırma seviyeleri sunar. PDF24: "Normal" ve "kalite kayıpsız" sıkıştırma modları bulunur. BigPDF: Kaydırıcı kullanarak manuel sıkıştırma imkanı tanır. Sıkıştırma işlemi sırasında resim içeren PDF dosyaları daha iyi sıkıştırılabilir, ancak içinde resim bulunmayan PDF dosyalarının sıkıştırılması daha az etkili olabilir.