İşletim sistemlerinde dosya sistemi, bilgisayarın sabit disk üzerindeki verileri düzenlemek için kullandığı temel yapıdır. Dosya sisteminin görevleri şunlardır: - dosyaların sabit diske kaydedilmesi; - dosyalara erişim ve paylaşım haklarının belirlenmesi ve denetlenmesi; - dosyaların güvenliğinin sağlanması; - boş alanların izlenmesi; - dosyaların yerleşimlerinin ve erişimin en hızlı olacağı biçimde düzenlenmesi. En yaygın işletim sistemi dosya sistemleri şunlardır: - FAT32: Windows 95 ile birlikte kullanıma sunulmuş, eski ve yaygın bir sistemdir. - exFAT: 2006 yılında flash sürücüler için geliştirilmiş, FAT32'nin geliştirilmiş sürümüdür. - NTFS: Ticari olarak Windows 2000 ile hayatımıza girmiş, Windows'un kullandığı en modern dosya sistemidir.