Nanopores, tipik olarak çapı 1 ila 100 nanometre arasında olan küçük deliklerdir. Çalışma prensibi şu şekildedir: nanopore üzerinden moleküller geçtiğinde, bu durum ölçülen iyonik akımda geçici bir kesintiye neden olur. Nanopore teknolojisinin diğer çalışma aşamaları: 1. Voltaj Uygulaması: İnce bir membrana voltaj uygulanır ve bu membranda bir nanopore bulunur. 2. Moleküler Analiz: DNA gibi moleküller nanopore içinden geçerken, elektriksel sinyallerde değişiklikler kaydedilir ve bu sinyaller analiz edilir. 3. Veri İşleme: Elde edilen veriler, özel algoritmalar kullanılarak işlenir ve moleküllerin kimliği, yapısı, dizilimi ve etkileşimleri hakkında bilgi çıkarılır.