MP4 ses kalitesi, kullanılan ses codec bileşenine bağlı olarak iyi kabul edilebilir. MP4, AAC (Advanced Audio Coding) ve ALAC (Apple Lossless Audio Codec) gibi çeşitli ses codec bileşenlerini destekler. AAC kodlu MP4 ses dosyaları, benzer dosya boyutlarında, daha yeni sıkıştırma teknolojisi olması sebebiyle MP3'e kıyasla daha iyi ses kalitesi sunar. ALAC kodlu MP4 dosyaları, yüksek kaliteli sesin korunması için uygun kayıpsız sıkıştırma sağlar. Ancak, eski taşınabilir müzik çalarlar, AAC kodlu MP4 dosyalarını desteklemeyebilir. Ses kalitesi değerlendirmesi özneldir.