Men in Black 2 (MİB 2), NASA adına çalışan gizli bir örgütün ajanları K (Tommy Lee Jones) ve J'nin (Will Smith), dünya dışı bir varlık olan Serleena'nın "Zartha Işığı"nı ele geçirmesini önlemeye çalışmalarını anlatıyor. Filmin konusu özetle şu şekilde: Geri dönüşlerde, Zarthanlar adlı bir grup uzaylı, Dünya'ya gelir ve "Zartha Işığı" adlı güçlü bir eşyayı korumak için MIB'den yardım ister. 2002 yılında, beş yıl sonra, Ajan J, MIB'nin en iyi ajanlarından biri olmuştur. Serleena, iki başlı bir uzaylı olan Scrad ve Charlie'nin ihbarı üzerine, "Işığın" hala Dünya'da olduğunu öğrenir ve onu bulmak için ajanları zorlar. J, bir tanık olan Laura'ya aşık olur ve MIB protokolünü ihlal ederek onun hafızasını silmez. J, K'nin "Işığı" Dünya'ya sakladığını keşfeder. K, emekli olduktan beş yıl önce nöro-silinme geçirdiği için kimse "Işığın" nerede olduğunu bilmez. J, K'yi postacı olarak çalıştığı Truro, Massachusetts'te bulur ve onu MIB'ye geri dönmeye ikna eder. K ve J, denöro-silinme makinesini kullanarak anılarını geri kazanır. Serleena, Scrad ve Charlie saldırıya geçer ve ajanlar, yasadışı denöro-silinme cihazı üreten Jack Jeebs'e kaçar. K, anılarını geri kazanır, ancak "Zartha Işığı"nı hatırlamaz çünkü kendini nöro-silinme ile silmiştir. K ve J, ipuçlarını takip ederek Laura'nın bracelet'inin "Işık" olduğunu anlar. Serleena, Laura'yı kaçırır ve ajanlar, MIB karargahını geri alıp Laura'yı kurtararak "Işığı" geri getirir. Serleena, New York'ta kovalanır ve J, onu metrodaki dev bir solucana yem ederek yok eder. Laura, Dünya'yı ve Zartha'yı kurtarmak için ayrılır. K ve Zed, J'yi teselli etmeye çalışır