Marmaray'ın inşası, Osmanlı Sultanı II. Abdülhamid döneminde, 19. yüzyılın sonu ve 20. yüzyılın başlarında gündeme gelmiştir 3. Ancak, projenin modern anlamda başlatılması ve gerçekleştirilmesi, 1985 yılında ilk fizibilite etüdünün yapılmasıyla başlamıştır 14.

İnşaatın resmi olarak başlatılması ise 2004 yılında, Mayıs ayında TGN ortak girişimiyle BC1 sözleşmesinin imzalanmasıyla gerçekleşmiştir 14.

Projenin finansman ve gerçekleştirilmesinde Japonya Uluslararası İşbirliği Bankası (JBIC), Avrupa Konseyi Kalkınma Bankası ve Avrupa Yatırım Bankası gibi kurumlar rol oynamıştır 1.