iPhone SE'ye aşağıdaki kılıflar uyar: 1. Moshi iGlaze Armour Case: Metalik görünümlü, sert dış zırh ve iç plastik katmanlı, fırçalanmış alüminyum ve yumuşak plastikten yapılmış kılıf. 2. Burkley Snap-On Case: El yapımı deriyle kaplı sağlam polikarbon kılıf, farklı renk seçenekleri mevcut. 3. RhinoShield CrashGuard Bumper Case: Düşme ve çarpmalara karşı tam koruma sağlayan, ekranı çevreleyen çıkıntılı kılıf. 4. Carved Traveler Wood Case: Ahşap ve yumuşak polikarbondan yapılmış, çeşitli tasarımlarda ahşap telefon kılıfları. 5. Speck CandyShell Inked Case: Askeri standartlarda düşme koruması, şok emici tabaka ve sert kaplamalı, alışılmadık desen ve renklerde kılıf. Ayrıca, Apple'ın kendi silikon kılıfı da iPhone SE ile uyumludur.