iPhone SE 5 ve 6 kılıflarının uyumlu olup olmadığı konusunda kesin bir bilgi bulunmamaktadır. Bazı kullanıcılar, iPhone 6 kılıflarının iPhone SE'ye uyabileceğini belirtse de, hoparlör, mikrofon veya kulaklık girişlerinin kapanabileceği ve sert kılıfların çıkarılmakta zorlanabileceği yönünde uyarılar da mevcuttur. En doğru bilgiyi almak için, kılıfın üzerindeki uyumluluk etiketlerini kontrol etmek veya doğrudan bir telefoncuya danışmak önerilir.