iPhone 6S'in batarya ömrü, ideal koşullar altında 500 tam şarj döngüsünde orijinal kapasitesinin %80'ini koruyacak şekilde tasarlanmıştır. Ancak, pil ömrü GPS kullanımı, oyun oynama ve coğrafi konum gibi özelliklere bağlı olarak değişebilir. iPhone 6S'in batarya kapasitesi ise 1715 mAh'dir. Pil ömrü, fiziksel pil ömrü, işlemci verimliliği ve işletim sistemi davranışının bir kombinasyonunun sonucudur. Daha fazla bilgi için Apple'ın resmi destek sayfasına veya bir Apple mağazasına başvurulması önerilir.