iPhone 16 ve iPhone 16e modelleri bazı özelliklerde benzerlik gösterse de, aralarında bazı önemli farklar bulunmaktadır: Ekran: iPhone 16, 2556 x 1179 piksel çözünürlüğe sahipken, iPhone 16e'de 2532 x 1170 piksel çözünürlük bulunmaktadır. Kamera: iPhone 16, 48 MP ana kamera ve 12 MP ultra geniş açı kamerası ile daha gelişmiş bir kamera sistemine sahiptir. Performans: iPhone 16, 5 çekirdekli GPU'ya sahipken, iPhone 16e'de bu sayı 4'tür. Bağlantı: iPhone 16, Qualcomm'a ait Snapdragon X75 modemi kullanırken, iPhone 16e, Apple'ın kendi tasarladığı C1 modemi kullanır. Bu farklar göz önüne alındığında, iPhone 16 ve iPhone 16e modelleri tamamen aynı değildir.